A l'international, l'IFB s'implique dans la promotion de la recherche aux niveaux européen comme plate-forme française de l'European Platform for Biodiversity Research Strategy (EPBRS). L'IFB constitue le volet français de grands programmes internationaux comme le Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Diversitas. L'IFB est aussi le point focal national de l'organe subsidiare de la Convention sur la Diversité Biologique chargé de fournir à celle-ci des avis scientifiques, techniques et technologiques (SBSTTA).